1926年至1929年在四川美术专校、中华艺术大学、昌明艺专学习，师事王一亭、吴东迈等，成为吴昌硕的再传弟子，颇得吴昌硕画风真传。

　　1930年在成都创办东方美专，历任国画系主任、副校长、任校长，主办美术研究刊物《太阳在东方》。

　　曾聘山水画大师黄宾虹入川讲学，给巴蜀画风注入了一股新鲜空气。二十一岁学成返回四川，组织蓉社、国光书画社。又开办浣花草堂书画社等，举办书画展览。其山水画，在西南负有盛名。新中国成立后，加入成都美协，任陕西《西北画报》编辑。

　　1949年后曾任中学教师。

　　1952年应胞弟石鲁之约赴西安任《西北画报》社美术编辑。

　　1955年调四川美术学院。

　　1956年起于四川美术学校任教授。

　　1987年退休。

　　在十年浩劫中，冯建吴被扣上反动学术权威的帽子，关过“牛棚”，还被剃了“阴阳头”游街。

　　“文革”结束时，冯建吴年近古稀，全身心投入书画创作和变革之中。他立刻继续他被中断了的书画变革。年老多病的他又全身心地投入到书画创作中。长期教授山水、诗词、书法、篆刻。又任中国书法家协会理事，四川美协理事，成都画院副院长，四川美术学院教授，四川省政协常委。主要作品有《奔腾》、《蜀江春晓》等，曾在国内外多次展出。

　　1979年为联合国中国厅作《峨眉天下秀》巨幅画，为人民大会堂四川厅所绘《峨岭朝晖》获省优秀作品奖。

　　1982年举办个人书画展览。

　　有《冯建吴诗词稿》、《冯建吴篆刻稿》、《冯建吴谈诗》、《冯建吴画集》、《山水书技法基础》、《甲骨文集联》等行世。四川省高教电教中心和四川美院曾联合摄制教学片《老骥出枥，志在万里——访画家冯建吴》，作品《海心亭》、《古银杏》等被中国美术馆收藏。